La historia de Ciudad del Carmen está ligada con los momentos históricos claves que forjaron a México. Su importancia estratégica ha sido reconocida por las grandes potencias mundiales, la isla fue descubierta por los españoles en 1518.
Los piratas, corsarios ingleses y holandeses, ocuparon el lugar por dos siglos, hasta que fueron expulsados por la fuerza, el día precisamente de la Virgen del Carmen. 16 de julio de 1717. Se ocupa el lugar con una pequeña fuerza militar en el siglo XVIII, dando lugar al Presidio del Carmen, y lentamente se va poblando.
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En el período del México independiente, la Isla con su puerto, su fuerte y sus recursos, queda sujeta a decisiones tomadas en la Capital de la Republica. Pasa a depender de diversas jurisdicciones según los avatares políticos: depende sucesivamente de Puebla, Tabasco, Yucatán.
En 1847, durante la guerra con Estados Unidos, el comodoro Perry, toma el mando y gobierno de la isla para bloquear el abasto de armas y pólvora a la resistencia del ejercito mexicanos.
Como consecuencia de la sangrienta guerra de castas, en Yucatán, la isla recibe el flujo de familias que huyen de la matanza. Es declarado en 1853 territorio federal, y como ciudad, en 1856; se integra al Distrito de Campeche en 1863.
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Para la década de 1940 a 1950 se caracterizó por ser el inicio del denominado “auge pesquero”, ya que se estableció la pesca comercial con la explotación de camarón, se construyeron los muelles, astilleros y la industria camaronera en el oeste de la ciudad.
El descubrimiento de petróleo, por el pescador Rudesindo Cantarell en marzo de 1971 frente a las costas de Carmen, significó una nueva etapa en la vida de la ciudad y un elemento de gran trascendencia en el destino del país. Con la incursión de la explotación del petróleo en los años 70, Ciudad del Carmen pasó de una economía pesquera a una economía petrolera.
En sólo 30 años, la isla se ha transformado de manera acelerada de acuerdo con la dinámica de la actividad petrolera, provocando cambios importantes en los patrones de vida de la población y cambios en la composición de la flora y fauna de la región.